战船是进行水域作战的核心单位，其制造与使用围绕一套完整的系统展开，玩家需要按步骤解锁建筑、积累资源并完成建造，才能组建有效的水上力量。战船系统主要在特定的水战剧本中开放，例如赤壁之战或襄樊之战，玩家需要先满足剧本的基本要求，才能触及相关的战船功能。
制造战船的第一步是解锁并建造核心建筑船坞或水寨。当玩家的君王殿达到一定等级（通常为八本）后，便可在城建菜单中解锁并建造水寨，这是所有水战功能的枢纽。建造水寨后，玩家会自动获得最基础的舰船走舸，无需额外建造。而要建造更高级的战船，则必须进一步升级船坞的等级，每提升一级船坞，就能解锁新的高级舰船类型。
完成建筑准备后，便可进入实质性的战船制造阶段。高级战船主要包括蒙冲、斗舰和楼船等类型，每种船只都需要消耗特定的资源，如木材、铁矿和金币来进行建造。玩家需要在船坞界面中选择想要建造的舰船，并确保资源充足。建造过程需要时间，可以使用加速道具来缩短等待。战船在战斗中一旦被敌方击败，所携带的舰船就会被摧毁，需要返回船坞消耗资源重新建造，因此需要合理规划资源分配和建造顺序，并注意船坞中各类舰船的库存数量。
战船制造完毕后，其功能并未结束，玩家还可以通过船只改装和技术研发来强化战船。在水寨界面中，玩家可以为部队选择不同的船只改装效果，例如神行可以加速水上行军，坚韧能降低水中攻城的体力消耗，强攻则能消除敌方特定的防御效果。同一支队伍一次只能激活一种改装，且更换改装必须让部队返回城内。研发船只技术可以获得强大的水上作战指令，如焚舟能对水军营地造成额外伤害，渡江可使部队获得隐身和先攻优势。这些改装和技术需要根据战术需求灵活切换和运用。
与战船系统深度绑定的还有武将操练机制，这打破了以往水战由吴国武将主导的局面。所有武将都拥有水军适性，从C到S级不等，适性等级直接影响武将在水上的属性加成或减益。玩家可以通过消耗操练点来提升任意武将的水军适性等级，操练点主要通过时间自然积累和参与水上PVP战斗行为获取。提升武将水军适性是发挥高级战船威力的重要基础。
在实战运用战船时，需理解其基本规则与战术定位。部队通过渡口进入水域后，会自动切换为船只形态，并获得水上移动速度提升等基础增益。不同战船有专属特性，例如楼船具备提升全军水军适性和强化攻城、驻守的能力，在战略争夺中价值显著。水战遵循特定的推进逻辑，通常需要先占领渡口，再攻击相邻的水军营地，层层推进。合理搭配舰船类型、改装效果与武将阵容，是赢得水战的关键。
